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Messagede Darcy Walton » 22 Nov 2019, 07:27

Parallel dazu haben molekulare Daten (Johnson et puma basket heart white al., 2006) zu einer Schätzung der Abweichung von der Schwesterspezies P. yagouaroundi von 4,17 MYA (CI: 3,16 6,01 MYA) geführt, was darauf hindeutet, dass die Entwicklungsgeschichte deutlich länger ist Abstammung. Das Speziationsereignis, das diese Abstammungslinien trennte, könnte in Nord- oder Südamerika aufgetreten sein, wobei die Schätzung der molekularen Datierung das erstere stützt, da es tendenziell vor dem Great American Biotic Interchange (GABI) (ca. 2,5 3,5 MYA) und der implizierten Kolonisierung liegt von Südamerika von irgendeinem felid (Woodburne, 2010; Eizirik, 2012). Da sich das Glaubwürdigkeitsintervall dieser Schätzung jedoch geringfügig mit dem Zeitplan der GABI überschneidet, ist dieses Problem immer noch nicht vollständig geklärt.

Innerhalb der mtDNA wurde das NADH-Dehydrogenase-Untereinheit-5 (ND5) -Gen erfolgreich in phylogenetischen und phylogeographischen Studien von Feliden und anderen Fleischfressern verwendet (z. B. Culver et al., 2000; Trinca et puma basket lack al., 2012). In einer früheren Studie mit Schwerpunkt Puma (Culver et al., 2000) wurden drei mtDNA-Segmente eingesetzt (ND5, 16S und ATP8). Von diesen zeigte ND5 den höchsten polymorphen Gehalt in dieser Spezies, basierend auf einem Segment, das 318 bp überspannte. Ein neues Primer-Set für dieses puma basket platform beige Gen wurde speziell für Fleischfresser entwickelt (Trigo et al., 2008), wobei ein längeres Fragment (ca. 750 bp) amplifiziert und eine erfolgreiche Amplifikation über mehrere Familien (z. B. Felidae, Mustelidae, Mephitidae, Procyonidae [unveröffentlichte Daten] gezeigt wurde ]).

In der vorliegenden Studie verwenden wir dieses längere ND5-Segment, um die Evolutionsgeschichte von P. concolor zu untersuchen, wobei der Schwerpunkt auf südamerikanischen Populationen liegt, von denen zuvor festgestellt wurde, dass sie ein hohes Maß an Diversität aufweisen und eine Schlüsselrolle in der historischen Demographie von NN gespielt haben diese Art (Culver et al., 2000). Da die puma basket platform core geografische Auswahl südamerikanischer Pumas in dieser ersten Studie begrenzt war, wollten wir hier die Repräsentation der verschiedenen Regionen dieses Subkontinents erweitern, um differenzierte Rückschlüsse auf die Bevölkerungsstruktur, den mütterlichen Genfluss und die demografische Geschichte zu ermöglichen.

Darüber hinaus haben wir Daten von 109 weiteren Personen gesammelt, deren DNA bereits in den teilnehmenden Laboratorien verfügbar war. Einige davon wurden in früheren genetischen Studien unter Verwendung verschiedener Marker verwendet (Culver et al., 2000; Castilho et al., 2011; Miotto et al., 2011, 2012). Insgesamt haben wir daher neuartige Daten von insgesamt 186 Personen gesammelt. Diese Proben stammten aus einer Vielzahl von geografischen Regionen im größten Teil des Puma-Sortiments, wobei der Schwerpunkt auf Südamerika lag (siehe Tabelle S1). Zwei Proben von Puma yagouaroundi wurden ebenfalls eingeschlossen, um in einigen Analysen als Nebengruppen verwendet zu werden.

Die Sequenzelektropherogramme wurden visuell geprüft und mit Chromas Lite 2.01 oder FinchTV 1.4.0 bearbeitet. Die Sequenzen wurden mit dem in MEGA 4 implementierten CLUSTALW-Algorithmus (Higgings et al., 1996) abgeglichen (Tamura et al., 2007), gefolgt von manueller Überprüfung und Bearbeitung. Die resultierenden neuen puma basket platform metallic Puma-Sequenzen wurden in der GenBank hinterlegt (Zugangsnummern {"Typ": "Entrez-Nucleotid-Bereich", "Attrs": {"Text": "KF460496-KF460523", "Start_Term": "KF460496", "End_Term") ":" KF460523 "," start_term_id ":" 572098819 "," end_term_id ":" 572098873 "}} KF460496-KF460523).

Die zweite Reihe von Tieranalysen zielte darauf ab, die Zeit des jüngsten gemeinsamen Vorfahren (t MRCA) verschiedener Gruppen von Proben abzuleiten und die demografische Geschichte der Pumas zu rekonstruieren, indem die Schwankungen der Bevölkerungsgröße in der Vergangenheit über das Bayesian Skyline Plot geschätzt wurden ( BSP) -Ansatz (Drummond et al., 2005). Wir gingen von einem Baum mit Bayes-Skyline und einer strengen molekularen Uhr aus, Image deren Entwicklungsrate auf der Schätzung aus der ersten Analyserunde beruhte.
Darcy Walton
 
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